– Investigación traslacional de Microbioma (InTraMic).
Análisis del microbioma intestinal humano: caracterización taxonómica en distintos contextos clínicos de alta prevalencia.

• Adenocarcinoma colorrectal (CRC).
• Trasplante alogénico de células madres hematopoyéticas.
• Enfermedad de hígado graso no alcohólico.(Línea a cargo de Julieta Trinks) CONICET: SUBSiDIO PUE 2019

Los objetivos de este proyecto se centran en la caracterización del microbioma fecal a través del análisis metagenómico y molecular a fin de identificar potenciales biomarcadores que sean aplicables en diferentes contextos clínicos (oncológicos, metabólicos e inmunológicos) transferibles al sistema sanitario.

– Red internacional de Microbioma y OPTIMISTICC: Red liderada por Leeds Institute of Medical Research Division of Pathology and Data Analytics and the Pathology Colorectal Cancer Group, Section of Pathology and Tumour Biology, St James’s University Hospital, Leeds University. Esta red está conformada por instituciones de países con diferentes incidencias de cáncer colorrectal. Incluye países del Sudeste Asiático, Latinoamérica, África y Europa. El objetivo es conocer los factores asociados al microbioma que promueven y afectan el desarrollo y evolución del cáncer colorrectal en estos países.

– Caracterización taxonómica del microbioma de cadera: Este proyecto se centra en el estudio del rol que cumple la microbiota de la cadera en pacientes con osteoartritis de cadera y fractura del cuello del fémur. Proyecto subsidiado por el 2021 SICOT Research Grant (Société Internationale de Chirurgie Orthopédique et de Traumatologie).

– Microbioma en pacientes de riesgo: Interrogar el papel del microbioma durante el desarrollo del cáncer colorrectal, particularmente en aquellos individuos con riesgo familiar o esporádico asociado al desarrollo de cáncer colorrectal. Colaboración con la John Hopkins University.

– MUTOGRAPHS: Con el objetivo final de desarrollar mejores programas de prevención, detección temprana y nuevos tratamientos contra el cáncer, este proyecto ha creado un consorcio de científicos de distintos países del mundo. A través de este proyecto se ha logrado crear uno de los biorrepositorios más diversos y completos que existen para investigar las causas de ocho tipos de cánceres, que presentan diferentes incidencias en el mundo. Cuenta con distintos tipos de muestras biológicas, que incluyen tejidos tumorales, tejidos sanos, sangre, plasma, saliva y orina, al igual que datos demográficos y otros factores de riesgo asociados al cáncer como el consumo de alcohol, tabaco, sobrepeso/obesidad, ciertas condiciones médicas y antecedentes familiares, entre otras variables y su análisis involucra la huella mutacional generada por la microbiota. Las muestras incluidas en este proyecto provienen de pacientes con cáncer esofágico, renal, colorrectal, unión gastroesofágica y páncreas. Mutographs es liderado entre otros centros, por el Genetic Cancer Susceptibility Group International Agency for Research Cancer (IARC, OMS) y el Wellcome Sanger Institute, Cancer UK.

– PROMINENT: Basado en muestras y datos recopilados en Mutographs, con el fin de caracterizar a nivel molecular y genómico el tejido normal, este proyecto intenta desarrollar una hoja de ruta describiendo los procesos moleculares y genéticos que promueven a partir de células normales portadoras de mutaciones impulsoras hasta la progresión tumoral maligna. Este proyecto es liderado por Allan Balmain (University of California, San Francisco) y Paul Brennan (International Agency for Research on Cancer (IARC).

– Investigando mutaciones clonales en pacientes con CCR de Argentina versus Reino Unido: Proyecto colaborativo en el marco del Proyecto OPTIMISTICC. Este proyecto se centra en el estudio y caracterización de las mutaciones clonales de la mucosa colorrectal y se lleva a cabo en conjunto con el Leeds Institute of Medical Research Division of Pathology and Data Analytics and the Pathology Colorectal Cancer Group, Section of Pathology and Tumour Biology, St James’s University Hospital, Leeds University.

– Perdomo S, Abedi-Ardekani B, et al. The Mutographs biorepository: A unique genomic resource to study cancer around the world. Cell Genom. 2024 Mar 13;4(3):100500. doi: 10.1016/j.xgen.2024.100500. Epub 2024 Feb 6. PMID: 38325367; PMCID: PMC10943582.

– Bose M, Wood HM, Young C; International C. R. C. Microbiome Network (AMS/CRUK); Quirke P, Seshadri RA. Analysis of an Indian colorectal cancer faecal microbiome collection demonstrates universal colorectal cancer-associated patterns, but closest correlation with other Indian cohorts. BMC Microbiol. 2023 Mar 2;23(1):52. doi:10.1186/s12866-023-02805-0

– Young C, Wood HM, Seshadri RA, Van Nang P, Vaccaro C, Melendez LC, Bose M, Van Doi M, Piñero TA, Valladares CT, Arguero J, Balaguer AF, Thompson KN, Yan Y, Huttenhower C, Quirke P. The colorectal cancer-associated faecal microbiome of developing countries resembles that of developed countries. Genome Med. 2021 Feb 16;13(1):27. doi: 10.1186/s13073-021-00844-8

– Burgos, V., Piñero, T., Fernández, M.L., Risk, M. (2021) A Complementary Approach in the Analysis of the Human Gut Microbiome Applying Self-organizing Maps and Random Forest. In: Florez, H., Pollo-Cattaneo, M.F. (eds) Applied Informatics. ICAI 2021. Communications in Computer and Information Science, vol 1455. Springer, Cham. doi:10.1007/978-3-030-89654-6_8

– Piñero TA, Soukarieh O, Rolain M, Alvarez K, López-Köstner F, Torrezan GT, Carraro DM, De Oliveira Nascimento IL, Bomfim TF, Machado-Lopes TMB, Freitas JC, Toralles MB, Sandes KA, Rossi BM, Junior SA, Meira J, Dominguez-Valentin M, Møller P, Vaccaro CA, Martins A, Pavicic WH. MLH1 intronic variants mapping to + 5 position of splice donor sites lead to deleterious effects on RNA splicing. Fam Cancer. 2020 Oct;19(4):323-336. doi: 10.1007/s10689-020-00182-5